Plik z rozszerzeniem .PDB to tekstowy format pliku służący głównie do przechowywania szczegółowych informacji o trójwymiarowej strukturze cząsteczek, zwłaszcza białek i innych makrocząsteczek biologicznych.
Spis treści
pokaż
Najważniejsze informacje o plikach .PDB
- Przechowują one współrzędne atomowe – długości wiązań, kąty oraz inne kluczowe dane opisujące strukturę cząsteczki;
- Format PDB został stworzony na potrzeby biologii strukturalnej – jest powszechnie używany w bioinformatyce oraz badaniach strukturalnych białek, m.in. w bazie danych Protein Data Bank (PDB);
- Pliki .PDB są zwykłymi plikami tekstowymi – każda linia ma ściśle określoną strukturę (80 znaków na wiersz), gdzie pierwsze znaki wyznaczają typ informacji zawartej w wierszu (np. TITLE_, ATOM, HETATM, SEQRES);
- W pliku wyróżnia się sekcje takie jak: nagłówek, współrzędne atomowe, łączność atomów, adnotacje, parametry krystalograficzne oraz uwagi;
- Każda zarejestrowana struktura w Protein Data Bank posiada unikalny czteroznakowy identyfikator PDB, używany globalnie do oznaczania danego wpisu;
- Pliki .PDB mogą zawierać także informacje o ligandach (cząstkach wiążących się z białkiem), rozpuszczalniku, wariantach sekwencji czy danych z eksperymentów NMR lub krystalograficznych.
Zastosowania
- Wykorzystywane są do analiz bioinformatycznych, wizualizacji struktur 3D białek i kwasów nukleinowych oraz w modelowaniu molekularnym i symulacjach,
- odczyt i wizualizacja plików .PDB możliwa jest w specjalistycznych programach, takich jak PyMOL, RasMol czy Chimera.
Podsumowanie
.PDB to podstawowy, standaryzowany format tekstowy dla nauk o strukturze makrocząsteczek, szeroko wykorzystywany w biologii, chemii i bioinformatyce.
